北祁连造山带位于华北板块西南缘龙首山与中祁连地块之间,北界为龙首山断裂,南缘与中祁连北缘断裂相接,东端为同心-固原断裂,西端为阿尔金断裂所截切。自北向南,北祁连造山带可以划分为河西走廊弧后盆地、北祁连岛弧、海沟俯冲杂岩 3 个不同构造分区。
地质公园位于北祁连中西段,区域构造上北邻阿拉善地块,南接中祁连地块,属北祁连加里东褶皱带和阿拉善地块的过渡带。根据前人的研究,调查区构造层次可划分为中深构造层次、浅构造层次和表构造层次。
中构造层次由古生代地层组成,其构造变形特点以流变和深熔作用为主,压扁作用次之。浅构造层次由古生代-新生代地层组成,其构造变形特点以纵弯褶皱和脆性断裂为主导。表构造层次由第四纪陆相沉积物组成,变形特点以地壳差异性垂直升降运动为特征。
区域上的早奥陶世裂陷、裂谷带在九个泉区域通过,断裂呈 NW 向延伸,出露早奥陶世沉积,形成蛇绿岩组合和远洋硅泥质沉积,带内分布有超镁铁质和镁铁质岩,属中深构造层次。
地质公园位于北祁连造山带山前断陷盆地内,公园内所反映的主要构造线的形迹——褶皱轴线、断裂线、挤压破碎带以及中生代盆地等的展布方向均为北西及北西西向,并伴生有北北东和北北西向两组扭断及派生出的北北东向褶皱轴线,属浅构造层次。